Der Bau des Futarasan-Schreins wurde 767 von dem nach Nikko gereisten Mönch Shodo-Shonin begonnen und ist der Anbetung der drei shintoistischen Berggottheiten der Gegend gewidmet. Onamuchi no Mikoto ist der Gott des Berges Nantai, Tagorihime no Mikoto die Göttin des Berges Nyotai und der Berg Taro symbolisiert deren Kind, das als Ajisukitakahikone no Mikoto angebetet wird.
Die Gebäude des Futarasan-Schreins zählen seit 1999 zum UNESCO Weltkulturerbe Japan und sind Aushängeschild für die Bedeutung der Gegend als traditionelles religiöses Zentrum Japans. Das shintoistische Ideal von vollkommener Harmonie zwischen natürlicher Umgebung und menschlicher Lebensweise wird durch die landschaftsfreundliche Bauweise der Gebäude des Schreins hervorragend ausgedrückt.
Nachdem der zur Meditation nach Nikko gereiste Mönch 766 das erste Gebäude des Rinno-ji-Tempels errichtet hatte, baute er 767 dem Shinto-Gott des Berges Nantai einen Schrein namens Hongu-ji. Der ältere Name des Berges Nantai lautet Futara, worauf wohl auch die heutige Bezeichnung des Gebäudekomplexes als Futarasan-Schrein zurückgeführt werden kann.
Zur Zeit der Kamakura-Herrschaft (1192-1333) wurde Nikko von der Regierung und einflussreichen Samurai unterstützt, was dazu führte, dass auch der Futarasan-Schrein weiter ausgebaut wurde. Von den damals entstandenen Gebäuden steht auf dem Gelände allerdings kein einziges mehr.
Die meisten noch stehenden Bauten stammen aus dem 17. Jahrhundert, dem Beginn der Edo-Zeit (1603–1867). Zu dem Zeitpunkt war Tenkai (1536-1643) Hauptpriester. Er gilt als Erbauer des Tosho-gu-Schreins, ist allerdings auch für den Ausbau des Futarasan-Schreins verantwortlich. Damals waren die verschiedenen Gebetsstätten von Shintoismus und Buddhismus in Japan noch nicht klar abgegrenzt. Dies geschah erst, nachdem im Jahr 1868, dem ersten Jahr der Meijiregierung, vom Staat eine klare Trennung der Religionen angestrebt wurde. So wurde auch der Futarasan-Schrein im Jahr 1872 von den beiden anderen Heiligtümern, dem Rinno-ji-Tempel und dem Toshu-gu-Schrein unabhängig, zählt aber inzwischen, genau wie diese zum UNESCO Weltkulturerbe Japan.
Der Eingang des Schreins wird von einem bronzenen Torii geschmückt und um in das Innere zu gelangen, muss man durch ein Karamon-Tor gehen. Diese Tore standen in der Vergangenheit vor allem für Autorität und zeichnen sich durch ihre unkonventionelle Dachform aus, die mittig einen leichten Bogen beschreibt.
Die restlichen Gebäude des Futarasan-Schreins wurden im Gegensatz zu den Bauten der anderen hiesigen Heiligtümer eher schlicht gestaltet. So ist auch die Architektur der Gebetshalle des Schreins (haiden), namens Shin-yosha, sehr einfach gehalten und lädt zu Ruhe und Besinnlichkeit ein. Die Gottesdienst-Halle des Futurasan-Schreins ist das älteste Beispiel für den architektonischen Stil, der sich auch in der ersten Erbauungsphase des Toshu-gu niederschlug. In diesem Teil des Schreins ist der Zutritt auch für Laien gestattet, die ihre Gebete an die Bergkami richten möchten. Nicht betreten werden darf die dahinter liegende Haupthalle (honden). Er ist das Allerheiligste des Schreins und wird nur an den matsuri – religiösen Festtagen – geöffnet. Der Futurasan-honden, namens Betsugû Takino-o-jinja, wurde nach einem Konstruktionsplan von 825 erbaut und ist mit seiner Fertigstellung im Jahr 1619 das älteste erhaltene Gebäude des Schreinkomplexes. Besonderheit der Haupthalle ist die heilige Quelle, die an der Ecke des Gebäudes aus zwei unterschiedlichen Röhren fließt. Die Futara Reisen („Heilige Quelle“) soll zwei Wässer mit unterschiedlicher Wirkung spenden. Die Sake-Quelle – auch Sake no zumi genannt – gilt als eine Art Jungbrunnen und soll das Altern verhindern. Die Quelle der Weisheit oder Chie no izumi soll hingegen die Sehleistung verbessern.
Eine weitere Attraktion des Schreins ist die „gespenstische Laterne“ oder Bake-doro. Die große Bronzelaterne soll laut einer Geschichte einen Samurai einmal so erschreckt haben, dass er sie mit seinem Schwert traktierte. So werden offiziell die heute noch zu sehenden Kratzer auf der Laterne erklärt.
Ein weiterer Teil des Futarasan-Geländes ist die Shinkyo-Brücke. Nach der Legende markiert sie den Ort, an dem zwei gottgesandte Riesenschlangen dem Mönch Shodo-Shonin und seinen Schüler das Überqueren des Flusses Daiya ermöglichten. Ursprünglich wurde die „Brücke des Gottes“ wohl in der Muromachi-Zeit errichtet. Die heutige Konstruktion in roter Zinnoberlackoptik und mit massiven Steinsäulen als Unterbau geht allerdings auf das Jahr 1636 zurück. Zwar wurde die heilige Brücke 1902 durch eine Flut zerstört, doch konnte sie 1907 originalgetreu wieder aufgebaut werden und strahlt nach einer Renovierung im Jahr 2005 in neuem Glanz. Im Altertum durfte sie nur von Kaisern und Shogunen betreten werden und auch heute wird sie nur für religiöse Feste geöffnet. Das Bauwerk ist 27 Meter lang und 6 Meter breit und zählt mit zum UNESCO Weltkulturerbe Japan.
